هرچند برنج صدری به عنوان یکی از محبوب‌ترین انواع برنج در ایران شناخته می‌شود، اما معایبی نیز برای آن وجود دارد. یکی از معایب اصلی برنج صدری، قیمت نسبتاً بالای آن است که ممکن است برای برخی افراد قابلیت تحمل نداشته باشد و باعث کاهش مصرف آن شود.
علاوه بر این، برنج صدری ممکن است نیاز به زمان بیشتری برای پخت داشته باشد، به‌ویژه اگر دانه‌های آن به صورت کامل آب نگیرند، ممکن است به طرز ناگواری زیادی زمان پخت آن افزوده شود.
همچنین، برنج صدری ممکن است دارای میزان قابل توجهی چربی و کالری باشد که در برخی شرایط ممکن است برای افرادی که به رژیم کم‌کالری نیاز دارند، مشکل‌ساز باشد. اما با این حال، با توجه به مزایای غذایی و کیفیت برتری که برنج صدری دارد، بسیاری از افراد به طور معمول این معایب را در نظر نمی‌گیرند و از این نوع برنج برای تهیه غذاهای خود استفاده می‌کنند.
